История собора начинается 17 октября 1889 года, когда царский поезд потерпел крушение вблизи станции Борки, в районе Харькова. Император Александр III вместе со своей семьей возвращался в Петербург из поездки на юг России. Железнодорожная катастрофа была страшной, однако никто из царской семьи серьезно не пострадал. То, что императору удалось выжить, было воспринято народом как чудо. Незадолго до происшествия, в эту же поездку, Александр III посетил Екатеринодар (современный Краснодар). В честь избавления от гибели императора местной Городской думой было решено возвести храм с семью престолами.

Историческое фото Екатериненского собора в начале ХХ века.

Возводился собор на народные деньги, а Дума обязалась два процента городских доходов направлять на богоугодное дело. К 1895 году было собрано 50 тысяч рублей и определено место для будущего собора на Екатерининской площади города, на месте небольшой одноименной церкви, которая к тому времени была в крайне ветхом состоянии. Главный престол было решено посвятить великомученице Екатерине, а остальные шесть назвать в честь небесных покровителей членов императорской семьи: Марии, Николая, Георгия, Михаила, Ксении, Ольги.

Иван Клементьевич Мальгерб.

Строительство было поручено городскому архитектору Ивану Клементьевичу Мальгербу, гражданскому инженеру, имя которого связано с возведением храмовых зданий не только в городе Екатеринодаре, но и на территории всей Кубанской области. Торжественная закладка храма состоялась 23 апреля 1900 года, однако из-за нехватки средств новый собор возводился 14 лет. И.К. Мальгерб выбрал для постройки византийский стиль позднего периода. К пятиглавому храму были пристроены колокольня и два придела, высота храмового сооружения составила 52 м, а общая длина - 58,4 м, при ширине 48 м. Мощный граненый барабан над центральной частью собора завершен шлемовидным куполом. Внешние стены выложены из лицевого красного керамического кирпича с применением декоративно-рельефной кладки: над окнами арочные бровки, по периметру узорный карниз и орнаментные пояски, кое-где на стенах выступают кресты. Колокольня соединена с основным помещением и служит входом. Перед входом паперть – крыльцо, ступени которого к двери символично сужаются, напоминая всем входящим слова Евангелия: «Входите тесными вратами…» Внутреннее убранство впечатляет. Стены расписывали именитые художники-иконописцы. Роспись придела св. Варвары сохранилась с 1917 г. – это работа художника Ивана Сидоровича Ижакевича, принадлежавшего к товариществу художников религиозной живописи г. Киева. К празднику 1000-летия Крещения Руси возобновили настенную роспись в Успенском приделе, а в Георгиевском обновили иконостас. К 100-летию собора произведена реставрация приделов Сергия Радонежского и Благовещенского, установлен новый иконостас в центральном Екатерининском.